После принятия Арменией в 301 году христианства в качестве государственной религии, в Арцахе также были созданы епархии, составлявшие в духовном и административном планах органическое целое с Армянской Апостольской Церковью (ААЦ).
ААЦ проводила свою миссию в соответствии с требованиями времени, создавая отдельные католикосаты. Одним из таких католикосатов был Агванский, который в духовном отношений подчинялся Кафедральному Собору Св. Эчмиадзина. Место размещения католикосата неоднократно менялось, однако с XIII века он окончательно обосновался в Гандзасарском монастыре, в церкви Св. Ованеса Мкртича (Иоанна Крестителя), которая построена в честь доставленной сюда головы Иоанна Крестителя.
В 1805 году Арцах освободился от персидского ига и присоединился к России. В 1815 году российское правительство понизило статус католикосата до статуса митрополитства. В 1923 году советским режимом Арцах вместе с двумя другими историческими областями Утиком и Гандзаком был насильно включен в состав Азербайджана, который стал планомерно закрывать монастыри и церкви, подвергать ссылке и расстрелу тысячи священнослужителей. К 1930 году здесь не осталось ни одной действующей церкви и священника.
Освобождение Шуши
В 1988 году, с началом национально-освободительного движения в Арцахе, представилась возможность восстановления Арцахской епархии. Первой из открывшихся в 1989 году церквей стал Гандзасар. Ныне открыты 17 церквей, в том числе построена одна новая. Административным центром и резиденцией главы епархии стал город Шуши с Кафедральным Собором – церковью Аменапркич (Казанчецоц). На данный момент действует действуют Шушинская духовная семинария, информационный центр, центр Христианской культуры, церковная братия и др. Силами Церкви в Степанакерте открыт дом престарелых и детский дом «Затик» в Ереване. С 1989 года до наших дней предводителем Арцахской епархии является архиепископ Паргев Мартиросян.
А р ц а х